Sezonul de imperechere incepe, de regula, in luna mai. In mod normal, in salbaticie femelele sunt cele care sapa adaposturile-groapa, desi ele sunt capabile sa construiasca si adaposturi movila in anumite conditii. Depun in medie 30-40 de oua. In salbaticie, crocodilii cubanezi se pot imperechea inclusiv cu crocodili americani (Crocodylus acutus), deoarece sezoanele de imperechere ale celor doua specii coincid. Aceasta hibridizare pare a fi naturala, insa ea poate constitui o amenintare la puritatea generica a speciei Crocodylus rhombifer, in cazul in care numarul exemplarelor scade vertiginos.
